Después de Villa Urquiza, la colonia San José fue la primera colonia agrícola-ganadera creada para inmigrantes en la provincia de Entre Ríos y la tercera en el orden nacional, que fundaron el 2 de julio de 1857. 530 inmigrantes suizos (del cantón de Valais), y algunos franceses (Alta Saboya) e italianos (Piamonte). El contratista anglo-francés Jhon Lelong firmó un contrato con la provincia de Corrientes para transportar colonos europeos a esa provincia, a causa de la demora de la operación, el Gobierno de Corrientes se negó a recibirlos, por lo que fueron desembarcados en Puerto Ibicuy. El presidente de la Confederación Argentina, Urquiza, decidió establecerlos en tierras de su propiedad como contratista privado, fundando con ellos la Colonia San José. Los días 1, 15 y 17 de julio de 1857 arribaron los contingentes que totalizaban 102 familias mayormente suizas. A principios de octubre llegaron otras 7 familias (52 personas) que habían viajado a Corrientes
La tarea de delinear la colonia fue encomendada al agrimensor Carlos Sourigues, entregándose los lotes el 2 de agosto. Alejo Peyret fue nombrado administrador de la colonia. De acuerdo a los contratos celebrados, a cada familia le correspondían 16 cuadras cuadradas (unas 30 hectáreas), 4 bueyes, 2 caballos, 2 vacas, madera, leña, un adelanto de cien pesos bolivianos. la manutención durante un año. Durante 4 años debían pagar los lotes, que quedaban luego bajo su propiedad
Por decreto del 11 de agosto de 1863 se creó una municipalidad en la Colonia San José, con Alejo Peyret a su frente, que funcionó por poco tiempo. En 1894 recibió la categoría de villa, pasando a denominarse Villa San José. El 8 de enero de 1904 asumió su primera junta de fomento.4 Pasó a ser municipio de 2.º categoría el 1 de julio de 1935 y de 1.º categoría el 4 de octubre de 1957
Cada año, a partir del 2 de julio se realiza la Fiesta Nacional de la Colonización. Su principal acto se realiza alrededor del 9 de julio, y consiste en un desfile cívico de instituciones en la plaza principal. En los últimos años La fiesta de la Colonización había trasladado sus espectáculos centrales y el desfile alegórico para coincidir con el fin de semana largo del 12 de octubre. Pero a partir de 2022 por una decisión del Intendente de San José, Gustavo Bastián, la Fiesta Nacional de la Colonización retorna a su fecha original, para homenajear, recordar y sentir cabalmente lo que vivieron aquellos primeros inmigrantes europeos que llegaron a las tierras de San José.