Fue fundada en 1890 por Héctor de Elía con la ayuda de los inmigrantes provenientes de Saboya, Piamonte (Italia) y del Cantón de Valais (Suiza) que en 1857 se habían asentado en la Colonia San José bajo el patrocinio del Gobernador de la Provincia de Entre Ríos, General Justo José de Urquiza.
El 29 de octubre de 1923, por decreto del Gobernador de la Provincia de Entre Ríos, Ramón Mihura, Villa Elisa es declarada centro rural con derecho a tener Junta de Fomento
Su historia se encuentra protegida en el Monumento Histórico Municipal y Museo Regional "El Porvenir", que fuera residencia de su fundador.